外科的治療
基本的に外科的治療は行わないが、内科的治療が有効でない強度の狭窄や腸閉塞を起こした場合、同じく穿孔、瘻孔や膿瘍を伴う場合は手術適応となる。その場合においても可能な限り短腸症候群を避けるために切除は最小限に抑えられ、狭窄形成術などが行われる。手術によって病変は取り除かれても再発率は極めて高く、特に術後の再接合部に再発することが多い。
[編集] その他
体外に循環させた血液を装置に通して、炎症発生機序の要点となる白血球を取り除く、白血球除去療法がある。治験成績では抗サイトカイン療法（抗TNFα抗体薬）よりも効果が低く、副作用は少ないが、効果が高くないのが問題である
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